PCR儀對(duì)于樣品溫度控制的能力對(duì)于PCR結(jié)果的準(zhǔn)確性十分重要。儀器特異性的參數(shù)如升降溫速度，維持時(shí)間以及算法對(duì)于預(yù)測樣品溫度是關(guān)鍵。

　　PCR儀的升降溫速度意味著在一定時(shí)間內(nèi)發(fā)生的PCR步驟之間的溫度變化。由于熱量從模塊傳輸至樣品需要一定的時(shí)間，樣品實(shí)際的升降溫速度會(huì)較慢。因此，對(duì)于變溫速度的定義需要進(jìn)行區(qū)分和了解。

　　最大或峰值模塊升降溫速度代表在進(jìn)行升降溫過程中非常小的一段時(shí)間內(nèi)模塊可以達(dá)到的最快溫度變化。

　　平均模塊升降溫速度代表在一段更長的時(shí)間內(nèi)溫度變化的速度，對(duì)于PCR儀的速度會(huì)提供一種更具代表性的測量。

　　最大樣品升降溫速度及平均樣品升降溫速度反映的是樣品實(shí)際獲得的溫度。樣品升降溫速度會(huì)為PCR儀的性能以及其對(duì)于PCR結(jié)果的潛在影響提供一種更為準(zhǔn)確的比較。

　　當(dāng)進(jìn)行PCR儀更換時(shí)，推薦使用帶有可模擬之前模式升降溫速度程序的儀器以實(shí)現(xiàn)更為簡易的更換并對(duì)PCR的重復(fù)性產(chǎn)生最小的影響。

　　PCR儀應(yīng)該被設(shè)計(jì)成只有樣品達(dá)到設(shè)置的溫度后才對(duì)相應(yīng)的步驟開始計(jì)時(shí)。這樣樣品維持在設(shè)定溫度的時(shí)間，將會(huì)與操作流程中要求的相應(yīng)循環(huán)條件保持得更加準(zhǔn)確。

　　PCR儀通常會(huì)使用復(fù)雜的數(shù)學(xué)算法來確保樣品可按照預(yù)設(shè)程序快速地達(dá)到設(shè)置的溫度。根據(jù)反應(yīng)體系的體積以及所使用的PCR塑料耗材的厚度，算法可對(duì)樣品的溫度以及達(dá)到設(shè)置溫度所需的時(shí)間進(jìn)行預(yù)測。依靠這些算法，PCR儀在加熱或冷卻的過程中，通常會(huì)通過一個(gè)叫做熱模塊過沖或下沖的過程讓模塊溫度超出設(shè)定值。這樣的設(shè)置可以確保樣品盡快達(dá)到設(shè)定的溫度，而自身不會(huì)發(fā)生過沖或下沖。